9月23日，国务院港澳事务办公室网站显示，国务院港澳事务办公室设9个内设机构（正司局级），相较此前新增两个内设机构，宣传司和安全事务司。

国务院港澳事务办公室网站截图

官网介绍，新增两个内设机构的职能分别为：

宣传司：承办涉港澳新闻宣传相关工作，承担港澳驻内地媒体和记者管理工作，承办新闻发布工作。

安全事务司：承办涉香港、澳门特别行政区维护国家安全相关协调工作。

此前国务院港澳办的7个内设机构分别为：

秘书行政司：负责机关文电、机要、档案和安全保密、信访工作；负责机关财务、基建工作。

综合司：承办中央对港澳重要政策落实的督促检查工作并协调解决执行中的有关具体问题。

政研司：了解和研究香港、澳门政治经济社会发展情况和重要动态，起草有关重要文稿。

联络司：承办内地与香港、澳门特别行政区政府联系的有关事务；承担内地公务人员因公赴港澳的审核、审批及证件的签发、管理工作；办理中央政府驻港澳机构提出的有关事宜。

交流司：了解香港、澳门经济、科技、文化等领域的有关情况，协同有关部门和地方拟订交流与合作的政策和措施，参与拟订内地派驻香港、澳门中资机构有关政策；参与重大交流合作事项的协调工作；承办内地与香港、澳门民间交往的有关审核管理工作。

法律司：宣传香港特别行政区基本法、澳门特别行政区基本法，研究基本法实施中涉及的有关法律问题;承办与香港、澳门特别行政区法律机构的往来事务；协同有关部门办理涉港澳司法协助事宜。

机关党委（人事司）：负责机关和直属单位的党群工作。人事司承担机关和直属单位人事管理及机构编制工作；负责机关离退休干部工作。

此外，国务院港澳办还有港澳研究所和机关服务中心两个下属单位。